马祖地区最重要的信仰是妈祖，就连马祖列岛的名称也是从妈祖而来，各岛的村落中都有妈祖庙(天后宫)，另外白马尊王也是重要的信仰，这是马祖信仰的特色，除此外，列岛上还有许多信仰。

　　长佑海民的妈祖和渔民的关系最密切，在马祖的信徒特别多，相传马港、铁板和津沙的妈祖历史最久;白马尊王是五代时开闽有功的王审知在马祖的信徒也很多。

　　在马祖列岛中，还有不少保护神和地方英雄的传说，三国时的关公、抗元名将陈文龙、杨公八使、玄天上帝、土地公、五灵公和临水夫人是能为民除病、镇妖降魔、救民苦难的神明;而地方英雄有西莒威武陈将军、北竿赵大王、南竿梅石高总管和东引张将军等。

　　马祖在地庙宇的宗教活动，己经和居民的生活相结合，年节、清明、端午、中元、中秋等传统节俗和台湾无异，早期战地前线的种种限制，马祖地区的祭典活动多集中在农历过年时，整个迎神活动正是凝聚马祖乡民的最佳时机。